战争机器2不仅在场景上较前作有较大提升，而且在剧情上也要比前作精彩得多。和前作相比，二代的剧情显得更有水准，也更“有料”。

二代的剧情中，给我们留下了很多疑点，比如新希望实验室和种兽，还有兽族女王竟然长着人脸（还挺漂亮），而且女王还知道马可斯和他父亲。

可见战争机器的背景比一开始官方给出的描述要复杂的多。本人猜测，种兽可能就是未进化完全的兽人，也就是说人类制造了兽人，或者说人类间接制造了兽人。人类为了应对将来可能发生的一些事情（例如战争、灾难），在秘密的新希望实验室（注意“新希望”这个名字以及新希望实验室变态的安保系统，并且D小队在调查这里时，是直接与司令部联系的，并没有通过控制中心）进行基因改造实验，并最终掌握了制造种兽的方法（注意新希望实验室的安保系统在马可斯激活种兽时强调“现在还不是时候放他们出来”）。而兽族女王，很有可能是参与研究的人员之一，甚至有可能是主导研究的人，而且和马可斯的父亲有些关系（应该是比较暧昧的那种，甚至不排除她就是马可斯的母亲）。

兽族女王在发现这种兽人的强大力量后，她便渴望通过这种强大的兽人来重塑世界的秩序。之后，兽族女王便将自己改造并带着兽人及相关技术出走地下开始发展，但是这个时候她（它？）还与马可斯的父亲保持着联系（也有可能马可斯的父亲与她的想法一致），马可斯的父亲可能在技术上为它们提供了帮助（这里可以解释兽人的先进科技，以及马可斯的父亲拥有的地底地图和女王那句“很可惜，你没有继承你父亲的遗志”）。

兽族女王一开始可能与马可斯的父亲商定的计划是只在地底建立一个完全符合他们想法的世界。但当人类陷入争夺能源的混战之后，兽族女王开始考虑将这种新秩序带向地表，所以它们在E-Day对人类发动了全面进攻。但这种做法与马可斯父亲的想法冲突（注意二代通关后，马可斯父亲说的那句“你都做了些什么”），所以他打算把兽人的相关信息以及打败兽人的方法交给人类政府（一代中马可斯家有储存资料的密室，而储存的资料恰巧是地底的地图及和兽人有关的资料，并且炸毁贾新图也是他的主意），但却被兽族知道，引来杀身之祸。马可斯违抗军令去救他的父亲，但是却没有成功，最后被投进监狱。

在这之后，便是战争机器1与战争机器2的剧情。